台军导弹部队原隶属陆军，去年四月设立导弹司令部，改隶属参谋本部，有所谓“第四军种”之称；现则决定改 隶空军，参谋本部另设“导弹指挥所”，做为战训政策指导单位。

    有关三军部队组织编装规划，陆军三个军团仍保留，但八个师级单位裁撤，部分改设师级指挥部；“国防部”原要陆军裁掉一个军团，最后打消构想。空军因接纳导弹部队，所属警卫部队将拨交给宪兵司令部，仅保留防炮部队；海军则是裁掉一个勤务舰队。

    根据精进案规划，台军兵力将降至二十七万五千人，其中，海空军各约四万人，陆军约十万人。“国防部”同时拟定官士兵比，订为一比二比二，军官编制员额约五万余人，依此员额限定，台军未来三年将精减疏处数千名军官，至于将官员额亦精减至不超过四百人。士官兵来源结构，“国防部”希望能达到六成募兵，四成征兵目标，三军重要部队与战斗部队兵源以募兵为主。

    根据精进案规划构想，“国防部”组织仍有小幅调整，主要是依“国防二法”精神，朝文人领军制度调整组织，期奠定“国防部”负责建军与预算，及“国防”资源分配，参谋本部负责训练与战备。依据精进案规划精神，未来文人部长有全权主导建军之责，包括人事权责，总长职权益形“萎缩”，“国防部”正集思研讨方案因应，唯总长仍设为四星上将编阶。

    根据精进案规划构想，三军总部的“总”字，将于明年拿掉，改成陆军司令部，海军司令部与空军司令部，各军种司令仍为三星上将编阶；同时，总政战局的“总”字，也要拿掉，改编为“政战局”，仍隶属“国防部”，政三监察制度则改隶督察系统，直属“国防部”，并由“国防部长”节制，相关政战体系变革，刻正由总政战局研讨中。

    据了解，陈水扁已于军事会谈听取精进案相关报告，并同意施行；“国防部”可望于年中召集三军，做最后的讨论，一旦定夺，再呈报陈水扁核示，明年开始执行，并于三年内，即陈第二届任期任满时，完成全案。

    “国防部”决定将台军导弹部队，由参谋本部拨交给空军，又是一个“汤规李不随”，前“国防部长”汤曜明所订政策，现任“国防部长”李杰不买单，并予以调整的案例。

    事实上，导弹部队的隶属问题，军中讨论十多年，据了解，李登辉时代，“国防部”规划二代兵力整建案，即通称的“中原案”，李登辉即核定“陆军导弹部队移交给空军”，唯全案并未执行。未执行的原委很复杂，有段时期是陆军不想交，有段时期又换成空军不想接，陆军与空军步调始终无法一致。

    直到前“国防部长”汤曜明规划“军事事务革新”案，即所谓的“精进案”第一阶段，决定扩编导弹部队，并设立导弹司令部，直接由参谋本部指挥。去年四月一日，原属陆军的“导弹指挥部”，正式扩编成“导弹司令部”，并改隶参谋本部，司令编阶升为中将，成为近年少数扩编的部队。

    不过，台军中人士认为，空军有作战司令部，有战管雷达，负责台湾整体防空，而导弹部队的爱国者导弹与天弓、鹰式导弹，都是防空导弹，切割开来，“没有道理”，加上参谋总长李天羽上将也认为，参谋本部“不应该指挥这么多部队”，“国防部”遂决意将导弹部队拨交空军。