据报道，军购特别预算最早是六千一百亿元，后经移除潜艇自造经费，汇差，以及建案的基础设施后，调整为四千八百亿元，并于这个会期送达“立法院”；经过一个会期沟通，“国防部”体认到“立法委员”对特别预算金额，有诸多意见，经过相关研讨，“国防部”认为特别预算还有降低七百亿元的空间，并将三项军购案的整体后勤，改由年度预算编列吸纳。

    据指出，“国防部”现行编列的四千八百亿元特别预算，包括三项武器采购的整体后勤，如训练、零附件等经费，如果这笔经费移除，军购案特别预算可再降低七百亿元，额度为四千一百亿元左右。

    由于“国防部”年度预算的投资经费，每年都有固定额度，且都极早规划，而重大军购采购案，如四年前美方突然决定军售潜艇给台湾，很难纳入年度预算，同样地，尔后重大军购案，极可能都是潜艇这种模式，如空军未来争取第三代战机军售案等。因此，“国防部”希望借着这次军购案，推动新模式，建立重大军购案改由特别预算编列，避免影响正常的军事投资与建军。

    军方指出，如军购案特别预算降至四千一百亿元，并由年度预算编列整体后勤与训练所需采购经费，将排挤正常军事投资，部分规划案因此可能顺延时程。不过，在美方的想法中，三项军购案中，爱国者导弹一直是美方列为最优先的顺序，这是美军在亚太军力部署的一环，未料到，台湾却把潜艇列为三项军购最优先者，而潜艇金额庞大，把军购案“弄得更复杂”。